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RACE技术-引物设计

发布时间 2010-01-23 浏览量 作者: 无 来源: 无

基因特异性引物(GSPs)条件是:
1、23-28nt
2、50-70%GC
3、Tm值≥65度,Tm值≥70度可以获得好的结果需要实验者根据已有的基因序列设计5‘和3‘RACE反应的基因特异性引物(GSP1和GSP2).由于两个引物的存在,PCR的产物是特异性的.
4、cDNA的合成起始于polyA+RNA.如果使用其它的基因组DNA或总RNA,背景会很高.
5、RACEPCR的效率还取决于总的mRNA中目的mRNA的量和不同的引物有不同的退火和延伸温度.
6、在进行5‘和3’RACE PCR的时候应该使用热启动.
7、重叠引物的设计会对全长的产生有帮助.另外,重叠的引物可以为PCR反应提供一个对照.并不是绝对的要利用设计的引物产生重叠片段.
8、引物GSP中的GC含量要在50-70%之间.这样可以使用降落PCR.避免使用自身互补性的引物序列,否则会产生回折和形成分子内氢键.另外,避免使用与AP1互补的引物,尤其是在3‘末端.
9、如果要用重叠片段来检测设计的引物,GSp1和GSp2之间至少是100-200碱基.只有这样才可以用扩增的产物来鉴定设计的引物是否正确.
10、降落PCR可以明显的增加RACEPCR产物的特异性.在最开始的循环中,退火温度高于AP1引物的Tm值,可以增加对特异性条带的扩增.随后的退火和延伸的温度降回到AP1的温度,可以进行随后的PCR循环.
11、验证基因特异性引物的对照:
    单个引物的阴性对照:只用一个引物GSP来进行阴性对照.这样不应该产生任何的条带.如果可以看到明显的产物,应该改变循环的参数,或重新设计原始引物.
    利用两个GSPS进行阳性对照:(只有两个GSP可以产生重叠的时候才可以采用此步.)为了确定RNA样品中目的基因确实表达,利用两个GSP和接头连接的 cDNA来产生阳性对照.可以产生两个引物之间的重叠大小的片段.如果没有这个片段,应该重复cDNA的合成,或者从一个不同的组织或细胞来源进行cDNA的合成.
12、制备和抽提polyA+RNA不要使用DEPC处理过的水.纯化完mRNA之后,利用琼脂糖凝胶电泳检测mRNA的质量.哺乳动物的mRNA样品是0.5-12kb的拖带,在其中有4.5和1.9kb的rRNA的条带.非哺乳动物的mRNA应略小.

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