在所有RNA实验中,最关键的因素是分离得到全长的RNA.而实验失败的主要原因是核糖核酸酶（RNA酶）的污染.由于RNA酶广泛存在而稳定,一般反应不需要辅助因子.因而RNA制剂中只要存在少量的RNA酶就会引起RNA在制备与分析过程中的降解,而所制备的RNA的纯度和完整性 又可直接影响RNA分析的结果,所以RNA的制备与分析操作难度极大.
    在实验中,一方面要严格控制外源性RNA酶的污染；另一方面要最大限度地抑制内源性的RNA酶.RNA酶可耐受多种处理而不被灭活,如煮沸、高压灭菌等.
    外源性的RNA酶存在于操作人员的手汗、唾液等,也可存在于灰尘中.在其它分子生物学实验中使用的RNA酶也会造成污染.这些外源性的RNA酶可污染 器械、玻璃制品、塑料制品、电泳槽、研究人员的手及各种试剂.而各种组织和细胞中则含有大量内源性的RNA酶.

一、防止RNA酶污染的措施：
1、所有的玻璃器皿均应在使用前于180℃的高温下干烤6hr或更长时间.
2、塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿冲洗（注意：有机玻璃器具因可被氯仿腐蚀,故不能使用）.
3、有机玻璃的电泳槽等,可先用去污剂洗涤,双蒸水 冲洗,乙醇干燥,再浸泡在3%H2O2 室温10min,然后用0.1%DEPC水冲洗,晾干.
4、配制的溶液应尽可能的用0.1%DEPC,在37℃处理12h以上.然后用高压灭菌除去残留的DEPC.不能高压灭菌的试剂,应当用DEPC处理过的无菌双蒸水配制,然后经0.22μm滤膜过滤除菌.
5、操作人员戴一次性口罩、帽子、手套,实验过程中手套要勤换.
6、设置RNA操作专用实验室,所有器械等应为专用.

二、常用的RNA酶抑制剂：
1、焦磷酸二乙酯（DEPC）：
    是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂.它通过和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性,从而抑制酶的活性.
2、异硫氰酸胍：
    目前被认为是最有效的RNA酶抑制剂,它在裂解组织的同时也使RNA酶失活.它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来,又对RNA酶有强烈的变性作用.
3、氧钒核糖核苷复合物：
    由氧化钒离子和核苷形成的复合物,它和RNA酶结合形成过渡态类物质,几乎能完全抑制RNA酶的活性.
4、RNA酶的蛋白抑制剂（RNasin ）：
    从大鼠肝或人胎盘中提取得来的酸性糖蛋白.RNasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂,可以和多种RNA酶结合,使其失活.
5.其它：
    SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定抑制作用.

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