一、RNA的降解
（1）新鲜细胞或组织的RNA降解
    1、裂解液的质量不好
    2、外源RNase的污染
    3、样品量过多,裂解液的用量不足
    4、组织裂解不充分
    5、另外某些富含内源酶的样品 (如脾脏,胸腺等),很难避免 RNA 的降解.建议在液氮条件下将组织碾碎,取适量样品,并且匀浆时使用更多裂解液.
（2）冷冻样品的RNA降解
    1、样品取材后应立即置于液氮中速冻,然后可以移至-80℃冰箱或在液氮中保存.
    2、先用液氮研磨,再加裂解液匀浆；
    3、样品与裂解液充分接触前避免融化,研磨用具必须预冷,碾磨过程中及时补充液氮.

二、OD260 /OD280 比值偏低
    （1）蛋白质污染；（2）苯酚残留；（3）抽提试剂残留；（4）仪器不准确.

三、下游实验效果不佳
    （1）RNA 降解；
    （2）抽提试剂的残留；
    （3） 样品中杂质的残留；
    （4）DNA 污染 .
    用75%酒精洗涤多一两次,以去除样品中的杂质,洗涤后后要晾干,防止抽提试剂的残留；如有DNA污染,对下游实验有影响的话可以用DNA酶进行消化.

相关阅读：
RNA酶保护试验((RNase Protection Assay,RPA)方法
TriZol提取RNA的基本步骤:
RNA干扰在染色体复制过程中的新角色
NimbleGen叠式探针设计芯片用于RNA CaptureSeq技术进行转录子信息深度挖掘
人类血液红细胞实现长期保存