在刚出生产出的鼠仔中,属转基因小鼠者,约占全部仔小鼠的20％-30％.因此,对转基因小鼠必须进行鉴定筛选.

1．  转基因整合检测
    鉴定转基因小鼠最简单的方法是从小鼠尾尖提取基因组DNA,检测其基因型.检测方法包括PCR和Shouthern 杂交.
（1）  基因组DNA的提取：
1）  将离乳期小鼠（>4周龄）麻醉标记.
2）  用一只手抓住小鼠,另一只手持消毒剪剪下约1cm的鼠尾.
3）  将剪下的鼠尾放入500?l消化缓冲液中（50mmol/L Tris-HCl, pH8.0; 100mmol/LEDTA; 100mmol/LNaCl; 1%SDS）, 并加入蛋白酶K使其终浓度为100 ?g/ml,550C下震荡孵育3~4 小时或过夜孵育.
4）  加入5 ?l RNA酶A,370C孵育1~2小时.
5）  DNA的分离纯化步骤参见第一章的第三节.
（2）  PCR检测： 转基因的初始筛选通常采用PCR检测技术.该技术操作简便、快速、费用低而有效,适合大量标本的分析.由于该技术特别敏感,可能产生假阳性结果.因此,在操作过程中必须特别小心,避免质粒DNA或其它标本的基因组DNA的污染.假阳性的产生对转基因小鼠的筛选工作将是致命的.PCR实验应采用双复管,甚至三复管.阳性结果最好用Southern杂交技术进一步证实.
PCR的实验操作参见第一章的第六节.
（3）  Southern blot分析：该技术虽然没有PCR技术那样敏感,且费力费时,但是避免了因污染导致假阳性结果的麻烦,可以得到目的基因整合后的基因组、整合位点数目、转基因拷贝数等的确切信息.Southern blot的实验操作参见第一章的第八节.

2．  转基因表达检测
    转基因整合检测是确定目的基因是否整合到了小鼠的基因组中,同时可确定整合的位点和拷贝数,这在遗传学上是十分重要的.而转基因表达检测是确定目的基因在转基因小鼠器官组织中表达的时空分布.其检测包括RNA分析技术和蛋白质检测技术.

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