蛋白质裂解液的配方有很多种,如何选择合适的蛋白质裂解液是做好免疫印迹的第一步.一些含有SDS（十二烷基硫酸钠）和强离子去污剂（如：脱氧胆酸钠）的蛋白质裂解液能从组织或细胞中提取出大量的蛋白质,然而它们却很容易会使蛋白质变性.这样,对于一些只能识别非变性的抗原表位的抗体来说,那些能使蛋白质变性的含SDS 和强离子去污剂的蛋白质裂解液就不能被选择.
    所以,蛋白质裂解液的选择除了要根据其“产量”,还要看所选择的一抗的是否能识别经变性的蛋白质样品.一般对于不能识别变性的蛋白质样品的一抗,其蛋白质裂解液都会是不含去污剂或含有较温和的非离子去污剂（如：NP-40,Triton X-100）.
    蛋白质的定位与蛋白质裂解液的选择：
    全细胞：NP-40或RIPA
    细胞质（可溶）：Tris-HCl
    细胞质（细胞骨架）：Tris-Triton
    细胞膜：NP-40或RIPA
    细胞核：RIPA
    线粒体：RIPA

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