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用于基因组文库的真核DNA的部分酶切:制备反应

发布时间 2010-01-14 浏览量 作者: 无 来源: 生物无忧

材料
    缓冲液和溶液:乙酰胺(10mol/L);乙醇;正丁醇;酚:氯仿(1:1,v/v);乙酸钠(3mol./L,ph5.2);蔗糖凝胶上样缓冲液;TE(ph8.0);Tris-Cl(10mmol/L,ph8.0)
    酶和缓冲液:限制性内切核酸酶;
    凝胶:琼脂糖凝胶;琼脂糖凝胶(0.6),用0.5*TBE,含有0.5ug/ml的溴化乙锭.琼脂糖凝胶,用于脉冲场凝胶电泳
    核酸和寡核苷酸:基因组DNA,高分子质量;λ噬菌体DNA和质粒寡聚体
    离心机和转子:Beckman SW28或相当型号
    专用设备:透析袋,煮过;梯度分级分离设备(可供选择);
    蔗糖梯度:预置于68℃的水浴
方法
梯度的制备:
1、在清亮的超速离心管中制备一个或多个38ml(10%-40%,m/V)蔗糖梯度,于4℃精致1-2h知道被使用
2、建立一系列消化反应,每个含有100ug的高分子质量DNA.
a、用限制酶的三种不同浓度,而这三种浓度刚好跨过预实验中所确定的最佳浓度.
b、将个反应温育适当的时间.
c、 用凝胶电泳分析部分酶切DNA,确证整个消化反应按预期的进行.得到结果后,将剩余样品置于0℃.
3、用酚:氯仿轻轻地抽提消化DNA两次
4、通过标准的乙醇沉淀回收DNA,并溶于200ulTE(PH8.0)中.
通过梯度按分子质量大小分级分离DNA:
5、将DNA样品于68℃加热10min,再冷却至20℃,然后轻轻地加至梯度的顶层.将梯度于20℃,83000g(25000r/min于Beckman SW28转子中)离心22h.
6、用21号注射针头或梯度分级分离设备刺穿离心管底,收集350ul样品.
7、用手机的样品中每隔一管取10ul,与10ul水和5ul蔗糖凝胶上样缓冲液混匀.0.6%琼脂糖凝胶电泳分析所有样品中的DNA的大小,并用质粒DNA寡聚体或其他高分子质量DNA做标志物.标志物中的蔗糖和盐浓度应与样品中的一致.
8、电泳后,将含有理想大小DNA片段(如用于黏粒文库构建的为35-45kb,用于λ噬菌体载体文库构建的为20-25kb)的样品合并.
9、将合并的样品置2L TE(PH8.0)中,于4℃透析12-16h,4-6h后更换一次缓冲液.
10、用等体积的正丁醇抽提透析样品数次,使样品体积降低至1ml左右.
11、在2mol/L乙酸铵(来源于10mol/L的母液)存在的情况下,于室温用乙醇沉淀DNA.
12、离心、回收DNA,并溶解于TE(PH8.0)中,浓度为300-500ug/ml .取一份DNA(0.5ug)进行分析,用常规的0.6%琼脂糖凝胶电泳或脉冲场电泳确证消化产物的大小分布是正确的.将DNA保存于4℃.
13、为了建立基因组DNA文库,将分级分离DNA与λ噬菌体载体臂相连.

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