非变性2D-PAGE:两向均在非变性条件下进行,这样分离的蛋白质点的等电点和表观分子量同生理条件下获得的这些蛋白的值是一样的;

非变性/SDS-2D-PAGE:第一向采用非变性IEF,之后在2%SDS溶液中平衡;第二向也在SDS存在的条件下进行.适于分析非共价键连接的蛋白－蛋白间的相互作用.

非变性/还原/SDS-2D-PAGE:非变性条件下IEF聚焦,之后用8M尿素＋5%β-ME＋2%SDS进行平衡,再进行第二向SDS-PAG电泳.此 时分离的蛋白质点可进行点的切取、蛋白酶消化、MALDI-TOF-MS分析鉴定,提供关于断裂二硫键连接的多肽的信息.

变性2D-PAGE:样品先用2%SDS＋5%β-ME＋95℃变性5min,IEF在8M尿素＋1%NP-40条件下进行,之后胶条用2%SDS＋5%β-ME平衡,然后进行SDS-PAGE.该技术适于DNA序列和多肽结构的分析,或分析被碳氢键连接和其它翻译后修饰所引起的多肽结构微异质性,但此方式显示的大于100Kd 的蛋白质点少于第三种方式.

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